主要区别如下：
1，形态不同：钟虫的虫体形似一个倒置的钟，尾柄内能观察到肌丝。盖纤虫胞口处观察不到类似盖纤虫的倾斜的圆盘突出，胞口宽大而平坦。扉门虫虫体外具有一个透明的外鞘，虫体很长，鞘内的虫体尾端具有较短的尾柄，虫体可收缩。
2，生活水体不同：小口钟虫多生长在负荷略微偏高的污水系统中，而沟钟虫则出现在有机负荷非常低的系统，此时污泥甚至已经开始发生解体。当活性污泥开始发生解体时，往往也能观察到累枝虫、扉门虫、锤吸管虫的大量存在。
3，群体状态不同：大多数情况下，钟虫、累枝虫两种虫形态均类似钟的形状，钟虫每个都是独立的，相互之间没有连接；而累枝虫就像是树，一根柄上分出很多个柄，然后很多个柄上又分出很多个“钟虫”。
