是的，摩托车逾期未年检将扣车主的分。
1.根据《道路运输车辆检验规程》规定，摩托车应当按期进行年检，如逾期未年检，则将被扣3分。
2.同时，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》规定，车主被扣完全部分数后，将被暂扣驾驶证6个月至一年，并进行交规知识和交通安全教育学习。
因此，摩托车逾期未年检将扣车主的分，车主需要注意及时完成年检。
根据《道路交通安全法》的规定，摩托车需要定期进行年检，如果逾期未年检，交通管理部门有权对其进行罚款、扣留车辆等处罚措施。但是，摩托车逾期未年检不会扣除车主的分数，因为摩托车没有驾驶证分数的概念。但是，如果摩托车驾驶人在行驶过程中发生交通违法行为，将会被扣除相应的驾驶证分数。
