脊索动物已知约7万多种，现生的种类有4万多种，分3个亚门：尾索动物亚门（Urochorda），如异体住囊虫（Oikopleura dioica）、柄海鞘（Styela clava）；头索动物亚门Cephalochordata，如文昌鱼（Branchiostoma belcheri）；脊椎动物亚门（Vertebrata），为此门最重要和最多的类群，包括圆口纲（Cyclostomata）、软骨鱼纲（Chondrichthyes）、硬骨鱼纲（Osteichthyes）、两栖纲（Amphibia）、爬行纲（Reptilia）、鸟纲（Aves）和哺乳纲（Mammalia）
