区别如下：
1、用途不同： 一般存款账户：主要用于存款人借款转存、借款归还和其他结算的资金收付。 专用存款账户:存款人按照法律、行政法规和规章，对其特定用途资金进行专项管理和使用而开立的银行结算账户。
2、规定不同： 一般存款账户不能在存款人基本存款账户的开户银行（指同一营业机构）开立。 专用账户特殊规定： （1）“单位银行卡账户”的资金必须由基本存款账户转入，该账户不得办理现金收付业； （2）“财政预算外资金、证券交易结算资金、期货交易保证金和信托基金”专用存款账户，不得支取现金。
3、范围不同： 一般账户：存款人因借款或其他结算需要，在基本存款账户开户银行以外的银行营业机构开立的银行结算账户。 专用账户： 适用范围： （1）基本建设资金； （2）更新改造资金； （3）财政预算外资金； （4）粮、棉、油收购资金； （5）证券交易结算资金； （6）期货交易保证金； （7）信托基金； （8）金融机构存放同业资金； （9）政策性房地产开发资金； （10）单位银行卡备用金； （11）住房基金； （12）社会保障基金； （13）收入汇缴资金和业务支出资金； （14）党、团、工会设在单位的组织机构经费； （15）其他需要专项管理和使用的资金。
