当时打开被盗的墓之后，经发掘、勘测：
光绪帝遗体为1．64米(身高)，肌肉全腐烂了，只有腿部部分肌肉干枯贴于腿骨之上。
筋骨骨胳各关节尚连为整体，没有刀剁斧砍的伤痕。
保存最完整的是发辫，发辫分三股编成，长约一尺，呈出黄黑的色泽，辫稍扎有红色的头绳。
当时取颈椎骨和头发进行化学成份的化验，证实没有任何中毒迹象。
清理化验完后，保管所的同志们将光绪帝的完整尸骨用塑料袋装好封闭，放入特制的楠木小棺中，复葬进了原来的棺椁里。
对棺椁上的盗洞也进行了修补。
爱新觉罗·载湉，也就是光绪帝，在1908年37岁时驾崩，但五年后的1913年才成功入葬。因为光绪和慈禧归天时间过于接近，满朝文武都忙着准备老佛爷的葬礼，将老佛爷风光大葬之后才想起来无人问津的光绪。
但光绪甚至连陵墓都没修好，清朝灭亡之后，民国政府接手援助，这才修好了崇陵，光绪得以入土为安。
但光绪实在多灾多难，入葬后的25年，也就是1938年，光绪陵墓即宣告被盗，这位盗墓者巧妙的挖了一个洞进入地宫，用斧头将光绪棺椁凿开圆洞。
但这位盗墓者对光绪的遗体并不在意，将之从棺内拖出，盗走了棺内的随葬品。
42年后，西陵文物管理处对崇陵地宫进行了保护性的清理，这才将散落在外的光绪遗体进行了保护，将之重新安葬回原来的棺椁里，随后封闭棺椁。
不过，光绪的头发、衣物在晾晒处理之后，被包装起来存放到了西陵文物管理处的文物库房内保管。还有几块光绪的遗骨，也留存在外，保存在文物库房内。
一共保存了光绪的头发2缕，肩胛骨、环椎骨、脊椎骨、肋骨7块，以及5件已经残破的衣物。
