元朝统一中国后,面对辽阔的疆域和众多的民族,特别是还不稳定的政局,元世祖忽必烈采取了军事斗争与政治改革相结合的措施,以强大的军事力量作为后盾,坚决打击和镇压反叛势力,注重从体制上改变蒙古人落后的部落分封的奴隶制的统治方法,消除诸侯分立,相互争夺的局面,加强中央集权。
忽必烈还吸取了一些汉族封建统治的制度:首先,元朝在中央实行三权分立的政治体制。设机密院掌管全国军事;设御史台负责对封建官员的监察;设中书省总理全国行政事务,辅佐皇帝发布政令,同时直接管辖大都及其和它邻近的地区。在地方设行中书省(简称行省或省),由中央政府委派官吏管理。行省中的岭北行中书省,包括今蒙古国和俄罗斯的西伯利亚一带;辽阳行中书省,包括黑龙江中、下游和乌苏里江以东地区和西伯利亚东部地区。其他行省的范围,一般都比现在的省大,或者包括现在的几个省。边远的云南地区,也建立了行省。那时我国大陆和台湾的关系有了更新的发展。元朝在澎湖设置了澎湖巡检司,负责管理澎湖和台湾的行政事务。