灵芝多糖由三股单糖链构成，其构型与DNA、RNA相似，是一种螺旋状立体构型物，螺旋层之间主要以氢键固定。灵芝多糖在单糖组成、糖苷键构型、分子量、旋光度、溶解度等某些理化性质方面存在显著差异。
在已提取到的有200多种灵芝多糖中，大多数是异多糖，即除含有葡萄糖外，还含有半乳糖、甘露糖、阿拉伯糖、木糖、岩藻糖、鼠李糖等其它单糖；由于来源不同，分子量可从数万到数十万不等，多数伴有分支，部分多糖还含有肽链。
灵芝多糖体对温度很敏感，是热敏性物质，大多不溶于高浓度酒精，而溶于热水。温度升高，会引起灵芝多糖的降解，多糖体中糖苷键易断裂而形成多个唐单体，而唐单体是没有活性的。现在提取灵芝多糖多采用膜分离法，整个过程在密闭系统中进行，无需加热，避免和减轻了热和氧对灵芝多糖营养成分的影响。
