东非大裂谷是由于非洲板块内部的张裂而形成，裂谷两侧的板块相互分离，在大陆上出现了深深的裂谷带，随着分离的继续，东非大裂谷也在不断的变宽变深。
在断裂谷地低洼处往往积水成湖，裂谷带的湖泊大多是构造湖，狭长幽深，与裂谷延伸方向一致，形成了一系列呈串珠状分布的构造湖，包括维多利亚湖、坦噶尼喀湖、马拉维湖和图尔卡纳湖等等。
由于下面地幔物质的上涌，对固体地壳形成溶蚀和侵蚀，上部的地壳减薄、扩张，一部分物质下陷形成大裂谷。东非大裂谷是世界陆地上最大的断裂带,被称为地球上的伤疤。
东非大裂谷下陷开始于渐新世，主要断裂运动发生在中新世，大幅度错动时期从上新世一直延续到第四纪。北段形成红海，使阿拉伯半岛与非洲大陆分离;马达加斯加岛在几条活动裂谷扩张作用下，也与非洲大陆分裂开。
