菌种分离主要在培养皿上进行，常用的方法是稀释法和划线法。
菌种分离的目的是微生物的一个个体通过繁殖，在固体培养基上长出肉眼能见的群体。然后根据培养特征，用接种针调取所需菌种并在显微镜下检查，证明为单一形状的菌体。
改变培养基条件也有助于菌种分离。没有一种培养基或一种培养条件能够满足一切微生物生长的需要，在一定程度上所有的培养基都是选择性的。
如果某种微生物的生长需要是已知的，也可以设计特定环境，使之适合这种微生物的生长。因而能够从混杂的微生物群体中把这种微生物选择培养出来，尽管在混杂的微生物群体中这种微生物可能只占少数。
分离培养是对微生物进行研究的一种方法，目的在于从自然物上混杂的微生物群体中获得所需要的纯种微生物。
分离培养常在固体平板培养基上用划线分离法或液体稀释法或单孢子分离法等进行
