1、核算的内容不同：
预付账款是指企业按照合同规定预付的款项。预付款项情况不多的企业，可以不设置“预付账款”科目，而直接通过“应付账款”科目核算。
应付账款是指企业因购买材料、商品或接受劳务供应等经营活动应支付的款项。应付账款包含：购买货物的价款、增值税进项税额、销售方代垫费用。
2、会计科目性质不同：
预付账款是资产类会计科目，应付账款是负债类会计科目。
两者的区别是：
一，已经发生和尚未发生交易的不一样：应付账款是交易已经发生的应该付出、尚未付出的会计账目；预付账款是交易尚未发生（但有交易合同或者其他原因）、事先付款后的会计账目。
二，赊账和先付款的不一样：应付账款是一种“赊欠”；预付账款是事前付款。
