您好，如果农村不动产登记超出面积，可以进行以下处理：
1.重新测量：对于超出面积的部分，可以重新测量确认实际面积，然后进行登记。
2.申请变更：如果超出面积是因为实际建筑面积大于登记面积，可以申请变更登记，将实际面积作为登记面积。
3.补缴差价：如果超出面积是因为登记面积不足，可以补缴差价，将超出部分进行登记。
4.申请拆除：如果超出面积是因为存在违建或超建情况，需要进行拆除，然后进行重新登记。
需要注意的是，不动产登记是一项重要的法律程序，必须遵守国家法律法规，按照规定进行登记，否则会面临处罚。
