降雨：波罗的海位于温带海洋性气候向大陆性气候的过渡区，全年以西风为主，秋冬季常出现风暴，降水颇多。北部的年平均降水量约500毫米，南部则超过600毫米，个别海域可达1000毫米；地处中高纬度，蒸发较少；周围河川径流总量丰富。
云雾：波罗的海地区夏季云量约60%，冬季则多于80%。南部和中部每年的雾天平均59天，波的尼亚湾北部雾最少，每年约22天。
洋流：由于北大西洋暖流难以进入波罗的海，海水得不到调节，致使冬季气温比较低，而且南北差异较大，夏季气温不高，且南北差异很小。水温自北向南升高，8月表面水温，波的尼亚湾为9℃-13℃，芬兰湾为15℃-17℃，海区中部为14℃-18℃，西部海区达20℃。2-3月，开阔海区水温为1℃-3℃，波的尼亚湾、芬兰湾、里加湾及其他海湾均低于0℃。从南向北的1月平均气温为零下1.1℃-10.3℃，7月为17.5℃-15.6℃。
冰封期间冰雪：波罗的海的海水又浅又淡，很容易结冰。北部和东部海域每年通常有一段不利于航行的冰封期，从每年11月初起，北部开始出现冰冻，冰覆盖的区域每年不尽相同。一般年份，海冰只出现在各个海湾中。只有在严冬时，几乎整个海区才被冰所覆盖。海冰平均厚度为65厘米。波的尼亚湾冰封期达210天，中部的芬兰湾和斯德哥尔摩附近为185天，里加湾为80-90天，波兰、德国沿岸冰封期30-40天。南部通常不结冻，但瑞典和丹麦之间的海峡有时也会冰封。波的尼亚湾的北部还容易形成大冰包，这种冰包有时可高达15米，给海上运输造成困难，船只通过只能在冰冻的海面上开凿水道，再缓慢前行。
