幼年的鳄龟是很难分辨公母的，饲养者需要等它们成年以后，才能准确的判断它们的公母。饲养者要想判断公母，可以通过腹甲、尾巴以及泄殖孔来分辨，详细的区别如下：
1、看腹甲：鳄龟公母的腹甲有很大的区别，如果鳄龟的腹甲有比较明显的凹陷，那么就说明它们是公龟。如果鳄龟的腹甲比较平坦，那就说明它们是母龟。公龟腹甲的凹陷主要是为了繁殖方便，饲养者可以将两只龟的腹甲放在一起对比。
2、看尾巴：鳄龟的性别不同，尾巴也不同。一般来说，公龟的尾巴是比较长而且比较粗的。母龟的尾巴是比较短并且比较细的。
看泄殖孔：鳄龟的泄殖孔也有很大的区别，首先就是形状不同，母龟的泄殖孔是圆形的，公龟的泄殖孔是方形的。其次就是它们的位置不同，母龟的泄殖孔是靠近尾巴的，而公龟的尾巴是靠近腹甲的。
鳄龟一般要在体重1以上才能分辨出公或母。
具体分辨方法如下： 一看尾巴; 鳄龟公的尾巴一般长且粗，鳄龟母的尾巴一般短且细。 二看泄殖孔; 鳄龟公的泄殖孔距腹甲较远，鳄龟母的泄殖孔距腹甲较近。 三看阴茎; 鳄龟公有时会露出阴茎，鳄龟母则无此特征。很多龟友会问龟怎么分公母，极大部分龟是这样子看的。 泄殖腔孔近的是母，反之是公龟。
