不可以办理 ，不动产存在争议是不能办理不动产证的。
只有等待法院判决后才能办理不动产证，国家办理不动产证的职能部门是不会登记存在争议的不动产的，法院判决之后，胜诉人可以凭法院判决书到当地自然资源局申请办理不动产权证
如果农村房屋的不动产证存在争议，例如产权归属、面积确定或使用权纠纷等问题，有关部门可能会暂停办理相关证件，直到争议解决或者达成一致意见。
这是为了保护各方的权益，确保房屋的所有权、使用权等方面的合法性与清晰性。在争议解决后，相应的不动产证可能会重新办理或者进行修改。具体的办理程序和要求可能因地区和相关政策而有所不同，建议咨询当地的房地产管理部门或相关机构获取详细信息。
