成分不同：
虾青素成分单一，但是纯度高；而南极磷虾油含有磷脂、欧米伽虾青素等成分，营养更全面。
作用不同：
磷虾油的主要作用来源于脂肪酸，对心脏尤其有保健作用；虾青素作为一种纯天然抗氧化剂，能清除自由基，提高人体抗衰老能力。
来源不同：
磷虾油主要提取自南极红色磷虾，且只有单一生物来源，无法大量人工合成。由于南极红色磷虾的食物是南极水域里的藻类，所以提取出来的磷虾油里含有少量的虾青素。
虾青素跟磷虾油不一样，虾青素广泛的存在于生物界，蟹、虾类、藻类、酵母等的虾青素含量都很高。而虾青素的最好来源是雨生红球藻，且可人工培养，技术成熟。
安全性不同：
磷虾油来源于海洋中的磷虾，其中含有一定的致敏原，。
虾青素的来源是雨生红球藻，服用淡水培育的雨生红球藻萃取的虾青素没有这方面的禁忌，安全性也更好
