臭豆腐的臭味来源于豆腐在腌制和发酵过程中蛋白质分解产生的硫化氢。制作臭豆腐的方法主要有两种：腌渍型工艺和微生物发酵型制作工艺。
在腌渍型工艺中，首先用溶解的青矾水浸泡豆腐坯，青矾的主要成分是硫酸亚铁，起上色和产生臭豆腐特殊气味的作用。浸泡一段时间之后，人们就会把配置好的臭卤倒进去，用卤水再浸泡一段时间，当这些豆腐坯成形入味之后，就把豆腐坯捞出来，沥干，油炸，再刷上一层调味料就可以吃了。
另一种是微生物发酵型制作工艺，这种臭豆腐是从大豆开始准备的。首先把豆腐胚接种霉菌，然后在室外自然发酵，就形成了我们所说的臭豆腐。
值得注意的是，尽管臭豆腐的味道刺鼻，但在油炸后配上酱料食用时，其味道鲜美无比，因此有“闻着臭、吃着香”的说法。
臭豆腐的臭味是怎么来的，主要是两种来源，一是豆腐自身发酵产生的，代表就是王致和臭豆腐，还是云南臭豆腐；
二是来自臭卤水，代表就是湖南臭豆腐和宁波臭豆腐，浇上了臭卤水腌制而成。
