1998年，为了阻止各大俱乐部建立欧洲超级联赛的设想，欧足联决定从1999/2000赛季起对欧洲三大杯赛进行有史以来最大的改革——欧洲优胜者杯被取消。而根据欧洲俱乐部比赛成绩的排名，各国可以派出1-4支球队参加欧洲冠军联赛。此外队小组赛赛制进行了进一步修改，又增加了一轮小组赛，第一阶段的小组赛由32支球队分成每组4队的8组进行，每队进行6场比赛。8个小组的前两名进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身）第三轮。第二阶段小组赛决出8强晋级淘汰赛。
2003/04赛季，欧洲冠军联赛取消了第二阶段小组赛，也就是产生十六强之后，直接开始进行淘汰赛，直到决出冠军为止。
欧洲冠军杯历史由来：第二次世界大战结束后，足球运动在世界范围内全面复兴，但这项运动仅仅是通过国家队的比赛在各国普及的。“欧洲冠军联赛”的前身是1955/1956赛季创建的欧洲俱乐部冠军杯。1992/1993赛季，欧足联对这项杯赛的赛制和名称正式进行了修改，赛事因此改称现在使用的“欧洲冠军联赛”。
欧洲足联于1955年6月举办了国际城市工业博览会杯赛，这次比赛在首届欧洲冠军杯开赛前三个月举行。首届比赛拖了三年才结束，最后一场比赛是巴塞罗那队和伦敦代表队之间于1958年5月1日进行的。而在这一段时间里，已举办过三届欧洲冠军杯。 1955年，形势的发展使国际足联改变了俱乐部冠军杯赛的看法。
首届欧洲冠军杯于1955年9月开赛，1956年5月结束，地点在巴黎，皇家马德里队获得冠军。
1992年，欧洲冠军杯在半决赛中引入了分组循环赛，两个小组的第一名再进行决赛。比赛也因此而改称了欧洲冠军联赛，但人们仍习惯于将其称为欧洲冠军杯。
在后来的几年中，冠军杯的赛制又屡有变化，逐渐将分组循环赛制应用到复赛以前的比赛，参赛的球队也不再限于各国的联赛冠军，一些足球强国的联赛亚军也可以参赛
