商务印书馆出版的是文津阁本《四库全书》，上海古籍出版社出版的是文渊阁本。
论编校质量大概文津阁本好些。
文津阁本是北方四阁本最后一部抄成的，且距第一部文渊阁本成书有三年之久，对前三阁抄本存在的一些讹误作了修正，《四库全书》在成书后，曾作过两次全面复查，而这两次复查，文津阁本都是由总纂官纪晓岚(昀)亲自带领有关人员进行的。
《四库全书》誊缮七部，分藏于紫禁城内的文渊阁、盛京（今沈阳）宫内的文溯阁、北京圆明园的文源河北承德避暑山庄的文津阁，此为北四阁，又称为内廷四阁，仅供皇室阅览。
另三部藏于扬州的文汇阁、镇江的文宗阁、杭州的文澜阁，即浙江三阁，又称南三阁，南三阁允许文人入阁阅览。中国近代，由于战乱不断，七部《四库全书》中完整保存下来的仅存三部。文汇阁、文宗阁藏本毁于第一次鸦片战争时期；文源阁藏本被英法联军焚毁；文澜阁所藏亦多散失，后经补抄基本得全，然已非原书。1948年，国民党政府撤离大陆，前往台湾，将故宫博物院的一些珍贵藏品运往台湾时，将《四库全书》中最为珍贵的藏本文渊阁《四库全书》带到台湾，文渊阁《四库全书》现存藏于台北故宫博物院内。
