一、概念不同。理论体系是指由一系列思想理论观点构成的一个理论整体;而指导的意思是指示教导,指点引导。
二、用法不同。理论体系是名词;指导是个动词。
三、特点不同。理论体系具有宏观性、系统性、完整性、指导性和遵从性;指导具有复杂性、针对性、和有效性。