《高达SEED Freedom》剧场版的大结局主要讲述了主角基拉·大和与扎夫特之间的战争，以及他与议长吉尔伯特·杜朗达尔之间的决战。
在剧情的最后阶段，基拉·大和与扎夫特的最后决战即将到来。扎夫特在议长杜朗达尔的领导下，意图通过“镇魂曲”计划来摧毁地球。基拉在得知这个计划后，决定采取行动来阻止这个灾难的发生。
基拉首先前往扎夫特的旗舰，与杜朗达尔进行了一次激烈的战斗。尽管杜朗达尔拥有强大的机体和先进的科技，但基拉凭借他的勇气和智慧，成功地击败了杜朗达尔，并破坏了“镇魂曲”计划的执行。
然而，基拉的胜利并没有带来和平。在战斗结束后，地球和扎夫特之间的关系仍然紧张。基拉意识到，只有通过对话和理解，才能真正实现和平。于是，他开始在地球和扎夫特之间进行调解，努力消除双方的误解和仇恨。
最终，基拉的努力取得了成功。地球和扎夫特之间达成了和平协议，双方开始共同建设一个更加美好的未来。基拉也在这个过程中找到了自己的归宿，与挚友阿斯兰·扎拉共同守护着地球的和平。
这个结局展示了勇气、智慧和和平的力量，也向观众传达了一个重要的信息：只有通过理解和对话，才能真正实现和平与繁荣。
