原因在于：
萧何的智慧很高明，并且具有卓越的才能，这引起了刘邦的戒心。
萧何与刘邦有深厚的交情，曾破格重用刘邦。但随着刘邦对萧何才能的深入了解，他开始对其产生警戒，认为萧何具有野心。
最主要的原因就是萧何的存在没有严重威胁到刘邦的地位和安全，所以最终刘邦放过了萧何。其实刘邦平定天下后没多久就开始陆陆续续的制裁那些为他打天下的兄弟了，不仅制裁了韩信、英布，当年分封的好几个异姓王都被刘邦制裁了。其实刘邦对萧何也动过一些心思，但最终由于种种原因刘邦放过了萧何，没有对萧何痛下杀手。
第一个原因就是萧何是个文官，手中的权利不足以对刘邦产生严重的威胁。韩信和英布不仅战功卓著，而且后来手中还掌握了很多的兵权，所以他们完全可以依靠手中掌握的兵权来威胁刘邦的地位和安全。但是萧何和他们不一样，萧何是帮助刘邦处理政务的文官，刘邦不仅能随时收回萧何手中的权力，也能把萧何放在自己的眼皮底下监视起来。
第二个原因就是萧何的政治智慧很高明，让刘邦对萧何的戒心大大的降低了。和韩信当年凭借战功向刘邦索要封赏的愚蠢头脑相比，萧何的政治头脑可比韩信、英布等武夫高明的多了。萧何知道自己有点功高震主后做事情就非常的低调，从来不搞拉帮结派的勾当，在很多场合也给足了刘邦面子。所以总体来说刘邦对萧何的戒心比较低，达不到制裁他的地步。
第三个原因就是萧何的才能确实无人可比，制裁萧何的话大汉的很多政务刘邦是找不到人来完成的。刘邦在如何用人上面确实厉害，但具体到怎么处理政务上面，那刘邦显然就不如萧何考虑的周全了。再加上萧何跟了刘邦很多年，一些办事的流程、规则比任何人都要熟悉。所以最终刘邦还是留下了萧何的姓名，让他帮助自己做一些具体的事情以保障大汉的正常运转。
