牡丹根储存了大量营养物质，牡丹刚移栽后，没有扎新根，不能从土壤中吸收营养，需要根中的营养来补给，如果根部修剪过多，势必营养牡丹成活，适当修剪，可以促使牡丹生产新根，对牡丹是有利的。新鲜的牡丹根修剪操作时，易脆裂形成伤口感染病原。
剪去粗壮的老根、过长的根，同时疏除部分侧根，使盆栽时根系能在基质内保持适当的比例，不过于拥挤，也不在盆内盘绕。
牡丹根系过长载重需要修剪，但不能过度，也尽量不要伤害主根，这样就不会影响成活。
牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称“木心”。肉质部储有大量养份和水份供植株生长，一般来说，根深的植株枝叶茂盛，植株较高，根浅则枝短株型矮。
牡丹属于深根性植物，对场地、土壤、肥料和时间的选择较为严格，尤其是栽植时间。牡丹一般于秋分至寒露之间栽植为宜。与其他花木不同，不易春季分栽。盆栽要选深桶盆，盆底放瓦片利水。加放粗土和底肥（饼肥、骨粉、鸡粪等有机肥）再盖10厘米肥沃土壤，然后放花卉，填土压实，半阴半阳位置摆放，浇透定根水即可。一星期后可以多晒太阳，通风透气，浇水应该不干不浇，浇要浇透。
