牡丹树根部新芽的修剪不能盲目的修剪，可以根据实际情况来定。
牡丹第一次修剪选择在3到5月，修剪掉过密的枝条，保留生长健壮的枝条；第二次修剪在花谢后剪掉残花，减少对植株养分的消耗；第三次修剪在10月份，剪掉病枝枯枝。另外，修剪时要注意保证伤口的平整，促使伤口快速愈合。
牡丹树根部位置的新芽，应根据植株的长势情况，大部分修剪掉。
彻底的做法就是扒开泥巴，然后把新芽去掉完全，这样做的目的是可以减少营养的浪费，让牡丹恢复树势，为安全过冬做准备，足够的营养过冬以后，开春发芽更多，新枝条更多，那么也容易开花爆盆了，要不然芽点少又不饱满，开花少或者不开花。
保证充足水肥。入秋以后，水肥供应是很关键的，牡丹秋季浇水不要太潮，但是也不能缺水，不过按照见干见湿，不干不浇的方法也是可以的，如果是新移栽的牡丹花，可以保持盆土微湿润养护，这样更利于服盆，老苗的话见干见湿养护就行，对于营养补充，建议定期浇灌营养液，到11月以后，彻底的补一次有机肥来做基肥，这样更容易安全过冬。
