沉香如屑帝尊是在后期被杀的。 剧本上写的剧情是,后面帝尊结局悲惨,主要是因为在应渊率领兵征战重伤归来之后,那心机叵测的恒钦就趁此机会神不知鬼不觉地杀了帝尊,并运用法术幻化成帝尊的模样。
帝尊被桓钦暗中害死，他用幻术变成了帝尊的样子，给天界带来了劫难。
在《沉香如屑》中，帝尊的结局是悲惨的。桓钦是导致帝尊结局悲惨的罪魁祸首。
众所周知，在《沉香如屑》的设定里，天界上有着四大帝君，每一位都位高权重，受万仙敬仰，其中被称为天庭第一楷模的帝君正是身为四大帝君之首的应渊。根据原著小说里的描述，恒钦曾跟应渊一同应劫飞升，可惜最后就只有应渊成功了，所以恒钦就因一步之差错失帝君的位置，成为了计都星君，也正是从那时起，恒钦对应渊产生了芥蒂。
剧中，恒钦十分擅长伪装，哪怕是应渊也没能看出恒钦平和谦恭的外表之下，竟然隐藏着野心勃勃，城府极深，心狠手辣的另外一面。在剧中，恒钦为了自己的利益，不仅害死了帝尊，还嫁祸给应渊。最终导致应渊和颜淡与魔道为伍，成为人人得而诛之的反派。而真正的凶手恒钦却成了高高在上的天界帝君。
总的来说，《沉香如屑》中帝尊的结局是悲惨的，被自己的舅舅桓钦所害。
