染色黄水晶晶体表面有明显的裂纹，颜色全部集中在裂隙中，用放大镜就很容易识别。
黄水晶与仿黄水晶的鉴别：假的黄水晶一般是玻璃，玻璃内部可有少量的气泡，最简单的检查办法是将仿黄水晶置于有字或线条的纸上，转动它观察下边的字或线条。由于玻璃是均质体，所以在玻璃的转动过程中，只观察到字或线的单影，而水晶是非均质体，当转动水晶观察时，可以看到字或线的双影。
黄色托帕石与黄水晶的鉴别：黄水晶光泽稍淡，重量稍轻（托帕石密度为3.53g/m3，而黄晶为2.66 g/m3），且黄水晶无解理（解理是指宝石晶体在外力作用下，沿一定的结晶学方向裂开成光滑平面的性质）。
像黄水晶这种单晶的宝石，要染过色的话，一般情况下要经过酸洗或者热处理，染色过后的颜色集中分布在表面及近表面，颜色看出很“假”，当然，不排除它只是单纯的表面涂色的情况，如果是后者，你可以轻轻的刮表面，很容易鉴别出来，而且染色过的黄水晶，黄色的颜色与其他的颜色部分（指的是无色的部分），有条件的话，你可以入大荧光灯下看，可以发现它的荧光异常
