鸡头莲又名芡实。最好能密封保存，并置于通风干燥处，防蛀。芡实由于含大量淀粉，在储存中极易遭虫蛀，如果将芡实与生大蒜按20:1的比例，把生大蒜瓣用纱布包好放置于装好。
另一种方法是将鸡头果用锡纸或保鲜膜包裹后，放入冰箱保鲜层（冰箱内部的温度维持在4度左右），大概可以保存2-3天。建议不要存放过久，以免影响口感。
新鲜的鸡头果在常温下最多只能保存3~4个小时，这是因为鸡头果在拨开后有很多水分，放在常温下，会蒸发水分，产生变色并且发出馊味。所以最好的方法是将鸡头果放到冰箱冷藏室冰冻起来。通常是拿一个真空的袋子均匀地装入1：1的清水和鸡头果，封好放入冰箱的冷藏室中速冻起来，下次用的时候解冻出来还是新鲜的。
剥掉壳的鸡头米 晒乾,然后存放在玻璃或者塑料瓶中,可以保存1、2年时间。
