黄菩提根是菩提根颜色变化产生的，比如盘玩一段时间，或者染色，或者风化，都会让菩提根变色。要注意的是，有一种白玉菩提，跟菩提根很像，但是属于不同类的物件，白玉菩提是油棕的种子，上面有芽眼，而且白的很亮，菩提根是贝叶棕的种子，白的比较柔和一些，且上面没有芽眼，个头偏大。
偏黄的白玉菩提才是正常的颜色，有很多死白的白玉菩提是经过漂白的反而不好。
白色的白玉菩提颜色表面会慢慢氧化，而且时间越久，就会越黄，而在经过盘以后，人体分泌的汗液、油脂与珠子分泌的物质以及氧气发生了化合，能在珠子表面形成的一层特殊的物质，使得珠子表面能发出一种玻璃光。
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