明成祖朱棣绝对算是除明太祖朱元璋之外，最有作为的帝王。然而，明中期朱厚熜在位期间，明朝太庙却经历过一次剧烈变化，明成祖朱棣更是差点断了祭祀。有说法认为这是由于朱厚熜想要将父亲的牌位摆进太庙，而太庙中牌位已满，导致朱棣差点“被祧”，实际上这种说法并不准确。要搞清楚这个问题，我们还得从朱厚熜与大臣之间长达二十四年的博弈说起。
明朝太庙始建于元至正二十六年(1366年)十二月，当年大宋龙凤皇帝翰林儿驾崩，吴王朱元璋便以次年为吴元年，并开始建立宗庙，祭告三川。正如《明太祖实录》所载“建国之初，当先正纪纲……礼法，国之纪纲，礼法立，则人志定，上下安。建国之初，此为先务”，朱元璋很清楚礼制的重要性，建立宗庙便标志着朱元璋政权的正式独立。
元至正二十七年(1367年)九月初一，应天太庙正式建成，并将皇高祖朱百六、皇曾祖朱四九、皇祖朱初一、皇考朱五四(朱世珍)的牌位摆进了太庙。不过，此时的应天宗庙采用的是“都宫别殿”制度，即一帝一庙。
洪武八年(1375年)，朱元璋感觉太庙所在地“地势少偏”，于是在同年七月初三下诏改建，规制为前殿后寝、设东西配殿。明朝虽然遵循周礼而设太庙，但规格却并非传统的“天子七庙”，而是改为了“九庙”，每一间为一室，并改“都宫别殿”制为“同堂异室”制，即一庙多帝。
明朝祖制规定，明朝的太庙正殿只能摆设9位皇帝牌位，其他皇帝牌位摆在殿后。
