处理方法是，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证，经重新考试合格后，发还机动车驾驶证。
如果驾驶员仍在实习期扣了12分，驾驶证将无效，需要再次参加培训考试，已过实习期驾驶证扣分超12分的处理方式如下：
1、扣留驾驶证；
2、注销驾驶资格；
3、驾驶人在十五日内到相关地点，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习；
4、驾驶人在学习二十日内，再进行道路交通安全法律、法规和相关知识的考试；
5、考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；
6、考试不合格，继续参加学习和考试。
