一、定义不同
1、函头纸也就是公函，正式的或官方的书信。公函是党政机关、人民团体、企事业单位间商洽和联系工作时使用的一种文体。
2、“红头文件”并非法律用语，其指的是指各级政府机关，多指中央一级下发的带有大红字标题和红色印章的文件、声明、公告、公示类等的俗称。文件，刊头的名称常印成红字。
二、使用范围不同
1、函头纸的使用范围很广，平行机关或者不相隶属机关间联系工作是可以使用公函，上下级之间的联系、询问、答复工作时，也可以使用公函。
2、红头纸则只能由行政机关下发。
红头纸多指上级部门下达的文件，函头纸多指人员调动的函。
