1、本质不同
启动子的本质都百是DNA上的碱基对，起始密码子的本质是mRNA上相邻的三个碱基。
2、作用不同
启动子，能活化RNA聚合度酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特知异性，在启动子上有与RNA聚合酶结合的位点作用是控制基因转录的起始时间和基道因表达的程度。
起始密码子作用是翻译开始的地方。
3、在遗传信息表达中起专作用的时刻不同
启动子在DNA转录时起作用；起始密码子在DNA翻译中起作用。

起始子在中学教材中叫起始密码，它位于信使RNA（mRNA）的起始部分的三个碱基。（决定氨基酸的排列顺序）。而启动子是位于DNA分子的基因中的前面部分。一个基因由编码区上游，编码区和编码区下游所组成，启动子位于编码区上游，终止子位于编码区下游。启动子含有RNA聚合酶结合位点。
