是的，北京大学医学部和北医大是同一个机构。北京大学医学部是北京大学的二级学院，前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年，是中国政府创办的第一所国立西医学校。
在1923年更名为北京医科大学，1924年更名为国立北平大学医学院，1927年与中法大学合并成立国立北平大学第三学院，1931年并入国立北平大学。1952年经院系调整，更名为北京医学院。1985年，为庆祝北京医科大学成立七十周年，恢复“北京医科大学”的名称。在2000年与北京大学合并，组建了新的北京大学，原北京医科大学成为北京大学医学部的主体。因此，北京大学医学部和北医大是同一个机构的不同称谓。
北京大学医学部和北医大指的是同一所学校，即北京大学医学部。北京大学医学部位于北京市海淀区学院路38号，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，是国家“211工程”重点建设高校、国家“双一流”建设高校。
