海关和海事局的区别是行政范围不同：海关的行政范围涵盖海陆两地；海事局的行政范围主要在中国领海之内。
海关的职能是：
1、对进出口货物、旅客行李和邮递物品、进出境运输工具实施监督管理；
2、征收关税和其他税费；
3、查缉走私。
海事局的职能是：
1、统一管理水上交通安全和防治船舶污染；
2、负责船舶、海上设施检验行业管理以及船舶适航和船舶技术管理；
3、负责海员证件的管理工作；
4、管理通航秩序、通航环境；
5、负责航海保障工作。
海关和海事局都是政府职能部门，只接受上级部门直接管辖，一般不受地方管辖，也就是俗称的"条状"管理。
二者的不同：
一、机构设置区域不同：
1.海关除了沿海省市以外，在国境、边境和内陆口岸均有设置。
2.海事局一般只有沿海省市和长江流域设置，内陆省市并无设置。
二、机构职能不同
1.海关根据国家法令，对进出国境的货物、邮递物品、旅客行李、货币、金银、证券和运输工具等实行监管检查、征收关税、编制海关统计并查禁走私等任务。
2.海事局履行水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防治船舶污染和航海保障等行政管理和执法职责。
