原子聚合鱼线和尼龙线都是钓鱼时常用的钓线材料，它们之间有以下几点区别：
1. 材质：原子聚合鱼线是由聚酯类聚合物制成，而尼龙线则是由尼龙纤维制成。
2. 强度：原子聚合鱼线比尼龙线更强，更耐磨损，更能抵御钓鱼时的拉力和摩擦力。
3. 敏感度：尼龙线比原子聚合鱼线更敏感，更容易感受到鱼儿的咬钩动作，因此在一些需要更敏锐的钓鱼场合，比如钓鱼比较小的鱼或者需要更快反应的情况下，尼龙线可能更适合。
4. 价格：原子聚合鱼线相对于尼龙线来说价格更高一些。
综上所述，原子聚合鱼线和尼龙线各有优劣，选择哪种钓线材料应该根据实际情况来决定，比如钓鱼场所、钓鱼目标鱼种、自己的预算等。
