ATP合酶由五条肽链组成。
ATP合酶名词解释：ATP或称F0F1复合物,该酶在分离状态下具有ATP水解酶的活性,在结合状态下具有ATP合酶的活性,属F型ATPase。
除了线粒体中有ATP合酶外,植物叶绿体的类囊体和好氧细菌都有ATP合酶的同源物,ATP合酶的分子组成和主要特点是:头部:头部即F1,细菌和线粒体ATP合酶的F1都是水溶性的蛋白,结构相似,由5种多肽名词解释：组成的九聚体名词解释：α亚基和β亚基构成一种球形的排列,头部含有三个催化ATP合成的位点,每个β亚基含有一个。
柄部∶由F1的γ亚基和ε亚基构成柄部,将头部与基部连接起来。γ亚基穿过头部作为头部旋转的轴。构成基部的亚基b向外延伸成为柄部的构成部分。
基部∶基部称为F0,是由镶嵌在线粒体内膜的疏水性蛋白质所组成,由3种不同的亚基组成的十五聚体。其中c亚基在膜中形成物质运动的环,b亚基穿过柄部将F1固定;a亚基是质子运输通道,允许质子跨膜运输。
