1、作用不同毕业证书是证明毕业时学习历史的证书，如果一个学生在大学学习了四年，只要不触犯校规校纪，或被退学，大学生毕业后都应当获得毕业证书。学位证书是证明毕业生学习科研能力的证书，如果毕业生达不到学校的相关要求，就得不到这个证书。
2、获得方法不同毕业证书是毕业生所取得的一种学历凭证。它表明持证者在某一级学校系统地学习过一定的科学文化知识，是选拔干部和评定职务的重要依据。高等学校的毕业证书由国家教育委员会统一制发。学位证书是为了证明学生专业知识和技术水平而授予的证书，在我国学位证授予资格单位为通过教育部认可的高等院校或科学研究机构。
3、国家规定不同为适应高等教育改革的需要，有利于高等教育健康发展，保证高等教育质量，维护国家学历制度和学历证书的严肃性，维护高等学校毕业生的合法权益，特建立高等教育学历证书电子注册制度。获得学位意味着被授予者的受教育程度和学术水平达到规定的学术称号要求， 经在高等学校或科学研究部门学习和研究，成绩达到有关规定，由有关部门授与并得到国家社会承认的专业知识学习资历。
