北京同仁堂和南京同仁堂是一脉相承，共承祖业。1926年，北京同仁堂京都乐家老铺乐笃周受家族之命，来南京筹备开分号事宜。1929年在南京城南中华路212号正式开张，挂牌“北京同仁堂京都乐家老铺南京分号”经销的丸药，丹药，散剂，药酒中药材，与北京同仁堂所售的中药相同。
至解放后1956年，药店完成社会主义改造。自此，南北同仁堂正式分家，不再有联系
同仁堂即北京同仁堂：1669年（清康熙八年）乐显扬创办同仁堂药室；1723年由皇帝钦定同仁堂供奉清宫御药房用药，独办官药，历经八代皇帝，188年之久；1957年同仁堂中药提炼厂正式成立，开创中药西制的先河；一九七九年，同仁堂厂、店牌号得以恢复；2000年5月成立了北京同仁堂科技发展股份有限公司，同年10月在香港创业板上市，是国内较早的A股分拆成功上市，同在五月 成立了同仁堂麦尔海生物技术有限公司开始了向生物工程领域的初步探索。
南京同仁堂：其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业；1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司；1957年定名为南京同仁堂制药厂；1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。位于美丽的雨花台风景区西麓，是南京市唯一一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型，集科、工、贸为一体的中药企业，1995年被国家内贸部授予“中华老字号”、2006年被商务部再次授予中国第一批“中华老字号”的荣誉称号
