太阳能光伏发电的缺点: ①能量密度低
通常以太阳辐照度来表示，地球表面辐照度最高值约为1.2kw／㎡，且绝大多数地区和大多数日照时间内都低于1kw／㎡。太阳能的利用实际上是低密度能量的收集。
②占地面积大
由于太阳能能量密度低，这就使得光伏发电系统的占地面积会很大，每10kw光伏发电功率占地约需100㎡。
③转换效率低
光伏发电的转换效率指光能转换为电能的比率。目前晶体硅光伏电池转换效率为13％～17％，非晶硅光伏电池只有5％～8％。
④间歇性工作
在地球表面，光伏发电系统只能在白天发电，晚上不能发电，除非在太空中没有昼夜之分的情况下，太阳能电池才可以连续发电，这与人们的用电需求不符。
⑤受气候环境因素影响大
太阳能光伏发电的能源直接来源于太阳光的照射，而地球表面上的太阳照射受气候的影响很大，长期的雨雪天、阴天、雾天甚至云层的变化都会严重影响系统的发电状态。另外，环境因素的影响也很大，比较突出的一点是，空气中的颗粒物（如灰尘）等沉落在太阳能电池组件的表面，阻挡了部分光线的照射，这样会使电池组件转换效率降低，从而造成发电量减少甚至电池板的损坏。
屋顶光伏系统常见的弊端包括：
1. 成本高：光伏板和设备的成本较高，往往需要一定的投资才能购置和安装。虽然随着技术的发展，成本有所下降，但仍然是一个相对较高的成本。
2. 天气影响：光伏系统需要阳光能源，如果天气不好或太阳能辐射不足，发电量会降低或无法正常发电。特别是在寒冷天气，阳光辐射少，雨雪影响会更为严重。
3. 维护管理：光伏系统需要定期维护和管理，包括清洁光伏板、检查电线等。这些工作需要人力、物力和财力的投入。
4. 安装问题：光伏系统的安装需要考虑很多因素，如倾角、朝向、防水等，若不能正确安装，容易出现漏水等问题。
5. 空间限制：光伏系统通常需要较大的空间，如果屋顶面积不够大，光伏板的安装可能会受到限制。此外，如果屋顶的结构承重不足，光伏板的安装也会存在一定的风险和安全隐患。
6. 能量存储问题：太阳能发电需要在白天进行，而人们的用电需求却集中在晚上，因此需要考虑如何存储能量，以便在晚上使用。目前，储能技术尚未完全成熟，尚未有合适的解决方案。
