野生菌种的收集方法主要有：
1、收集地方：可以在当地山上落叶聚集较多的山谷、树林中采集。
2、具体办法：把做的稍微有一点硬的大米饭(1kg～1．5kg)，装入用干净杉木板做的小木箱(25cm×20cm×10cm)约三分之一，大米饭上面盖上宣纸，封好口，将其埋在当地山上落叶聚集较多的山谷树林中。
为防止野生动物糟蹋，木箱最好罩上铁丝网。夏季经三～五天，春秋经六～七天，周边的土著微生物潜入到米饭中，在米饭上形成白色菌落（放置时间稍长时会形成各种颜色菌落，虽然也能利用，但最好还是用白色菌落）。
3、扩陪方法：土著菌采集成功后掺入原材料量1/3左右的红糖，将其混合均匀(数量按坛子容量的三分之一)，把变的稀软状态的米饭装入坛子里，盖上宣纸，用线绳系好口，放置在温度18℃左右地方。
大约放置7天左右，就会变成浓稠液体状态，饭粒多少会有些残留，但不碍事。简单过滤后就是土着微生物菌种原液。 用的时候直接稀释后和EM菌种原液一起使用！
有三种方法
一，组织分离法，就是通过无菌操作，把子实体其中的一部分，分离出来进行培养。
二，孢子弹射法，就是利用子实体弹射出的孢子进行培养。
三，菌丝体分离法，就是采用子实体下面的菌丝体进行培养。
