这种情况可能是由于一些程序在系统启动时通过其他方式自动启动，而不是通过msconfig中的启动项列表。这些程序可能会添加到注册表中的其他位置，或者在系统的启动文件夹中。您可以尝试以下方法来查找和管理这些自动启动的程序：
1. 检查注册表：打开注册表编辑器（在Windows 10中可以通过运行regedit命令），然后浏览以下注册表键：
HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun
HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun
HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareWOW6432NodeMicrosoftWindowsCurrentVersionRun
在这些键下，您可能会找到一些启动项。如果您找到了与开机时启动的程序相关的注册表键值，您可以尝试删除或禁用它们。
2. 检查启动文件夹：通过以下路径浏览启动文件夹：
C:Users[用户名]AppDataRoamingMicrosoftWindowsStart MenuProgramsStartup
C:ProgramDataMicrosoftWindowsStart MenuProgramsStartup
如果您在这些文件夹中找到了与开机时启动的程序相关的快捷方式，您可以尝试删除它们或者禁用它们。
3. 使用第三方工具：如果您仍然无法找到自动启动的程序，您可以尝试使用一些第三方的工具来查找和管理自动启动项。例如，Autoruns是一款功能强大的工具，可以显示和管理系统中的所有自动启动项。
请注意，如果您不确定某个程序是否可以禁用或删除，建议您在做出任何更改之前备份注册表或创建系统还原点，以防止不可预料的问题发生。
