浙江小百花越剧院和越剧团在以下方面存在区别：
1. 归属单位：浙江小百花越剧院是民营股份制艺术院团，隶属于浙江省文化厅；而浙江越剧团则隶属省文化和旅游厅直属事业单位杭州滑稽笑摸人生艺校（浙江越剧院的下属机构）。
2. 剧目风格：绍兴越剧团是一个历史悠久的越剧表演团体，平均年龄较大的演员多以名角为主，经过数十年的积淀，在越剧演出中有着重要的地位，同时也涵盖了昆曲、昆剧等多个剧种的表演；绍兴小百花则是一个比较年轻的团体，演员年龄相对较小，以“先锋少年演出团”为主体，以匠心、精神为核心，通过多种剧目来展现小百花的风采。
综上所述，两者在归属单位和剧目风格方面存在差异。
