一、两者适用人群不同
公务护照主要颁发给各级政府部门副处级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。公务护照又分为公务护照和公务普通护照，公务护照有效期最长不超过5年。
公务普通护照由外交部、中华人民共和国驻外使、领馆或者外交部委托的其他驻外机构以及外交部委托的省、自治区、直辖市和设区的市人民政府外事部门颁发给中国各级政府部门副县、处级以下公务员和国有企事业单位因公出国人员等。
二、两者颁发方式不同
公务护照经外交部授权，各省、自治区、直辖市人民政府外事办公室，各计划单列市、经济特区和沿海开放城市人民政府外事办公室负责颁发，并办理上述因公护照的各类手续。
公务普通护照，又称因公普通护照。因公普通护照一般发给国家派出的研究生、留学生、访问学者和工程技术人员等， 这种护照由外交部或地方外办颁发。
一般来说，公务护照是为官员和公务员提供的护照，用于公务出差时进行出入境。
普通公务护照是一般公民可以申请的一种护照，可以用于公务出差，但是申请方式和手续比公务护照复杂，同时也要承担较高的办理费用。
