如果在回填土中发现有树根，这可能会对建筑地基的稳定性产生影响。因此，需要采取一些措施来解决这个问题。首先，基底清理是必要的，即在开始回填之前，需要将基底表面上的垃圾或树根等杂物全部清理干净。
其次，也需要进行土质检验，确定土料的含水率是否适宜。如果含水率偏高，可以采取翻松、凉晒等方法降低；如果含水率偏低，则可以采用预先浇水润湿等措施。
然后，分层铺土和压实也非常重要。一般来说，如果使用蛙式或柴油打夯机，分层厚度应为200-250mm，每层压实3-4遍；若采用人工夯实，层厚大于200mm，同样每层要压实3-4次。
此外，对于长平验收也需要注意。填方全部完成后，要对表面进行拉线找平，对于超高的部分应铲除，不足的地方应填补夯实。
在某些情况下，如果地基为软土，可能需要采取换土或抛石挤淤等方法进行处理。或者当软土层较厚时，也可以采用砂垫层加固。
最后，请注意，这些都只是一般性的建议和方法，具体的操作可能需要根据你们自建房的具体情况进行适当的调整。
