食品的质量保证是一个过程管理，不只是在最后要做仓储，还要注意使用鲜新，干净的材料。然后注意作到以下几点。
1、冷却，出炉后冷却要注意放在阴凉干燥的地方，注意不要吹大风，像电风扇这样绝不可以，会导致在冷却的过程中水分向饼干底部沉积的。成品包装后容易发霉。
2、冷却到室温，一般四小时内能完成，所以，应该在出炉后四小时内把饼干包装起来，有条件的可以放入干燥剂。我所在单位实验发现，饼干等食物放在常温条件下暴露在空气中，超过四小时，细菌开始发展。曲奇一般一到两小时就能冷却到位，用手摸饼干底部中心位置，感觉是凉的，就差不多了。
3、贮藏温度，包装好的饼干储藏温度最好是在5到26度之间，低了，水分会慢慢折出，在包装袋等材料内壁形成水雾，当时这个温度肯定是没有问题的，但等到再放入常温条件时，水分就是细菌之源。高了，则会导致乳酸菌等发展。 如果作到上述的条件，曲奇饼干一般保质期在半个月以上
自制曲奇的保存方法如下：
1. 冷却：在烘烤完成后，将曲奇完全冷却在室温下。这样可以确保曲奇在储存过程中不变形或软化。
2. 存放容器：将曲奇存放在密封容器中，如塑料食品袋或玻璃罐。确保容器干燥、洁净，并能有效阻挡空气和水分的进入。
3. 隔层储存：如果需要堆叠曲奇，可以在每层之间放置蜡纸或是用烘焙纸隔开，以避免彼此粘连。
4. 避免湿气：曲奇对湿气非常敏感，可以在容器中放置一袋或一张生米、面粉或食品级二氧化硅凝胶袋，以吸收潮湿空气，保持曲奇的口感和质地。
5. 避免阳光直射：存放曲奇的容器应远离直接阳光照射，避免曲奇变软或变味。
6. 温度控制：尽量将曲奇存放在室温下，避免过度受热或冷藏。极高或极低的温度可能会影响曲奇的质地和口感。
7. 食用时间：新鲜自制的曲奇通常在存放在适当条件下可以保持数天至数周的食用期限。不过，为了确保口感和品质，最好在较短的时间内将其食用完毕。
以上是一些建议，但注意每种曲奇可能有不同的保存要求，所以在保存自制曲奇之前最好查看特定食谱或参考厨师专业的建议。
