有航运功能。淮河入海水道二期工程是行洪、航运等功能叠加的项目，主要建设内容包括在原有一期工程的基础上，挖深河道、加固堤防、建设沿线建筑物等。
项目建成后，入海水道泄洪流量将提升到7000立方米/秒，洪泽湖防洪标准将由100年一遇提高到300年一遇，并能够实现2000吨级船只直接通江达海。
目前全程没有
淮河入海水道二期工程要在苏北总灌渠和现有入海水道之间挖出一条新的河道，将入海通道的总宽度拓宽到1000米左右（包括苏北灌溉总渠和2003年建成的入海通道），保证百年一遇的洪水顺利入海。
淮河入海水道京杭运河交叉口淮安枢纽至连申线交叉口滨海枢纽段83公里为规划国省干线——淮河出海航道的重要组成部分，是长三角高等级航道网规划和全国内河航道与港口布局规划确定的高等级航道，也是纳入国务院批准的《江苏沿海地区发展规划》中的重要港口集疏运航道，原规划等级为三级。淮河入海水道二期工程叠加实施航运工程建成后，泄洪能力将由现在的2270立方米每秒提升到7000立方米每秒，洪泽湖防洪标准从100年一遇提高到300年一遇，同时也充分发挥淮河沿线的资源禀赋优势，对接“一带一路”、长江经济带、沿海开发等国家战略，实现淮河生态经济带的联动发展具有着重要意义。
