按所反映的经济内容或用途，国库会计科目分为资产类、负债类和资产负债共同类。
其中资产类科目包括中央预算支出（总库专用）、兑付国家债券本息款；负债类科目包括中央预算收入（总库专用）、地方财政库款、财政预算专项存款、财政预算外存款、待报解中央预算收入、待报解地方预算收入、待报解共享收入、代收国家债券款（总库专用）、国家债券兑付资金；资产负债共同类科目包括大额支付往来、小额支付往来、支付清算资金往来、同城票据交换、国库待结算款项、行库往来、国库内部往来、联行往账（总库专用）、联行来账（总库专用）、待结算财政款项（商业银行、信用社代理支库、乡镇国库专用）。国库会计表外科目包括有价证券及收款单、已兑付国家债券和重要空白凭证。
