首先，存货管理制度不完善表现在:
一些企业虽然表面上建立了一定的存货管理制度，但是在制度规定的细节上仍存在诸多不足，从而造成存货管理人员在实际工作中存在管理瑕疵或很难被有效执行。例如，仓库管理人员在对存货进行看管时，往往只是看重数量是否存在问题，而忽视仓储质量的问题，这样极容易造成管理的滞后给企业造成不可预见的损失。其次，存货内控制度缺失。企业在存货管理过程中普遍存在内部控制薄弱、岗位责任不清晰、监督检查不到位、存货管理岗位架构不健全等多方面问题。例如，存货采购与验收入库均由一人完成；存货采购价格的确定缺乏完善的询价比价机制，以协商形式定价的情况较多，导致风险防范与监管不足。
企业任何资产都存在这样或那样的风险。存货是企业重要的流动资产,在管理中存在很大的风险,其风险大致可分为存货决策风险及存货日常管理中的风险。
（一）存货决策风险
存货管理中不仅要保证有合理的存货和存货结构,还要研究怎样把存货的数量控制在最优水平上,这就是存货决策。存货决策风险就是不能准确把握存货数量的最优水平,即一方面可能夸大企业正常的存货需求量,盲目进货造成高库存;另一方面看不到企业在未来对存货的需求量,不能及时补充货物造成存货不足。存货过多，不但造成资金积压，且易导致存货过时、损坏、仓储成本增高；存货过少，则可能因缺货而影响正常生产，在物价上涨的情况下，则可能造成企业潜亏。这就要求企业必须重视存货管理的重要性，找出存货管理中存在的不足与缺陷，并采取相应的应对措施。
（二）存货日常管理中的风险
1、存货的入库、出库、结存记录不真实
例如：单据填写不完整、不准确，造成会计核算困难，日后难以核查；有时因生产任务紧，未经过正常的审批手续就直接领料出库，造成材料领用审批制度形同虚设。其次,由于存货的结存不真实，且疏于管理,没有进行定期的检查，造成存货超储积压占用大量资金,增加仓储成本；或材料短缺,影响企业正常的生产经营。另外,由于没有制定严格的领用发出制度,各部门领用存货没有经过统一的规划和安排,也没有相应的限额控制，造成账实不符，虚增生产成本。
2、存货内部控制制度不健全
表现为：存货管理制度缺失或不健全，规章制度未覆盖相关的业务部门和人员，没有渗透到企业各个业务领域和各个操作环节，以致物资管理秩序混乱、核算不实而造成会计信息失真。例如：企业存货实物控制存在缺陷，日常管理中既无规范的存货管理规则，也没有相应的存货盘点制度，岗位职责不分明，只注重存货的购买环节控制，而忽视存货的日常保管、领用出库及报废等环节的控制，造成企业资产的浪费和流失。
