黑麦中含有大量淀粉酶。
淀粉在烤制时45~60度就已经开始吸水糊化，但淀粉酶此时还非常活跃，不到80度以上淀粉酶的活动不会停止。
如果黑麦配入太多，面胚在烤熟前，淀粉酶的分解作用会使面胚产生大量水分而使面包内部不熟或者发黏。
因此为了防止黑麦面包的这种现象，要使用酸化发酵种，面胚的酸化对戊聚糖以及淀粉的分解酶有抑制作用，使面包内部形成膨松有弹性的组织，烤制更加安定。
黑麦粉的比例越多，酸种的使用量也就越多，随之面胚的吸水量也就越多，面胚也就变得越柔软。
面包烤制后也会越湿润。
另外，酸种使用量越多，面胚的PH会降低，霉菌越不容易繁殖，烤制后可以长时间保存
