牡丹嫁接的砧木只能采用粗种牡丹和芍药的肉质根，其他树种不能嫁接牡丹的。
一般在大量繁殖牡丹时通常采用嫁接法，尤其对一些发枝能力弱的名贵品种具有特殊意义。根砧木选择粗2公分、长15-20公分，并且带有须根的肉质根为宜。嫁接时间通常在九月到十月上旬，在牡丹和芍药分株、移栽和采根作药材时进行。嫁接方法粗根多采用嵌接法，细根适宜劈接法。
采用牡丹根作砧木嫁接的苗木在初期生长比较慢，但接穗基部容易生根，萌孽比较多，有利于以后分株繁殖，而且寿命比较长。
采用芍药根作砧木嫁接的苗木，虽然木质化比较弱，方便操作，成活率比较高，初期生长比较快，但接穗基部发根比较少，萌孽不多，寿命也比较短。
注意其他树木不能嫁接牡丹的。
