明朝灭亡后，清朝顺治初年，十三陵嫔妃墓中的郑贵妃墓即遭到盗掘；
以后清朝对十三陵进行了保护；
清朝覆灭后，民国时期，十三陵嫔妃墓陆续遭到盗掘，尤其1937年万娘坟（明宪宗成化皇帝宠妃万氏）被土匪盗掘；
以后思陵（崇祯皇帝、周皇后、田贵妃）因为规模小，两次被盗；
1940年代土匪企图盗掘康陵（明武宗正德皇帝、皇后夏氏），但没有成功；
解放后1956年挖掘定陵（明神宗万历皇帝、孝端皇后、孝靖皇后），文革中文物遭到严重破坏；
1996年有人盗挖东井（明成祖永乐皇帝嫔妃陪葬墓）
不过据说康雍乾三朝修殿宇修园子也曾经盗用十三陵的木头
